Nieuwe faciliteiten
De Stichting Grote Kerk streeft ernaar de faciliteiten van het gebouw te verbeteren en deze gelijke tred te laten houden met de eisen van deze tijd. De aangescherpte eisen van de Brandweer vormden in 1998 de aanleiding voor een omvangrijk investeringsplan met als doel het gebouw voor gebruik geschikt te houden en zijn functie in Den Haag te kunnen versterken. Het uitbreiden van het aantal nooduitgangen behoorde tot de investeringen die de hoogste prioriteit hadden. Dit met het doel om meer bezoekers te kunnen toelaten, meer mensen te kunnen laten genieten van het monument en de daarin plaatsvindende evenementen, meer veiligheid te kunnen bieden, alsmede om meer exploitatiemogelijkheden te creëren.
2. Energiebesparing
3. Aanleg kantoor- en horecaruimte
4. Onderhoud erfgoed
5. Diversen
Voor een succesvolle exploitatie was het van belang op een veilige manier evenementen te kunnen huisvesten met een groot aantal bezoekers. Daartoe diende het aantal nooduitgangen te worden uitgebreid. Dit onderdeel van het investeringsplan had de hoogste prioriteit. In korte tijd slaagde de stichting er de bestaande uitgang achter de regeringsbanken als nooduitgang geschikt te maken. De twee nieuwe nooduitgangen, een tussen de toren en de voormalige kosterswoning en een in het Hoogkoor, vergden meer tijd in verband met de benodigde monumenten- en bouwvergunningen. Cultuurhistorisch onderzoek wees uit dat het verantwoord was op deze plaatsen nooduitgangen te creëren omdat daar in het verleden ook doorgangen geweest zijn. Een daarvan leidde naar de doopkapel naast de toren (de doopkapel was al eeuwen geleden afgebroken), de andere gaf toegang vanaf het Hoogkoor tot de Heilige Sacramentskapel. Deze kapel is omstreeks 1910 door Architect Kuypers tezamen met vele andere tegen de kerk aangelegen huisjes, gangetjes en aanbouwsels verwijderd. De nooduitgang naast de toren werd in 2000 opgeleverd, de doorgang in het Hoogkoor werd pas na een langslepende procedure in juni 2005 gerealiseerd. Net op tijd om de Gouden Koets naar binnen te kunnen rijden die het stralend middelpunt vormde van de tentoonstelling "Majesteit!, 25 jaar koningin Beatrix". Met het oog op de ontwikkeling van de Grote Kerk als evenementen- en tentoonstellingslocatie is gekozen voor een brede en hoge doorgang om zo grotere voorwerpen naar binnen te kunnen brengen. De nieuwe doorgang, ook wel "Stadsentree" genoemd beschikt naast loopdeuren over grote laad- en losdeuren. Met deze doorgang kon eindelijk worden voldaan aan de eisen van de Brandweer en is het maximaal aantal bezoekers gestegen naar 1652 personen. Een bijkomend voordeel van deze doorgang is dat de kerk, die afgewend ligt van het centrum - kerken werden met het koor op het oosten gebouwd - aansluiting heeft gekregen met het hart van de stad.
Conform de eisen van de brandweer en met toestemming van Bureau Monumentenzorg is in 1999 de draairichting van drie deuren tussen het schip van de kerk en de bijgebouwen aan de zuidzijde aangepast. Die draaiden aanvankelijk naar binnen, tegen de vluchtrichting in.
Twee brandslanghaspels die zich achter gesloten worden bevonden zijn verplaatst en toegankelijk gemaakt vanuit het Hoogkoor.
Om het energieverlies via de hoofdingang in de toren te beperken en het comfort van de bezoekers te verbeteren ontwikkelde de stichting een plan voor een glazen tourniquet, maar onder druk van Bureau Monumentenzorg en de Welstandscommissie is uiteindelijk gekozen voor een eikenhouten constructie. De plannen hebben als bijkomend voordeel dat de draairichting van de vier meter hoge deuren (voorschrift van de brandweer) niet behoeft te worden veranderd. De tochtsluis is voorzien van een elektrisch bediening voor minder validen. De tochtsluis werd opgeleverd in 2002.
De stichting kampte met een nijpend tekort aan kantoorruimte. Het vrijmaken en verbouwen van de voormalige kosterswoning tot kantoor was dan ook in het investeringsplan opgenomen. In februari 2003 werd zowel met deze verbouwing begonnen als ook met de bouw van een keuken op de voormalige binnenplaats tussen de kosterswoning en de toren waar in het verre verleden de doopkapel heeft gestaan. Aanvankelijk was het plan om alleen een ruimte op de begane grond te bouwen, maar op aandringen van de Welstandscommissie en Bureau Monumentenzorg is een groter volume gerealiseerd. In feite werd het deel tussen de voormalige kosterswoning en de Van Assendelftkapel gekopieerd. De verdieping boven de keuken doet thans dienst als vergaderruimte. De keuken wordt gebruikt door cateraars tijdens diners en recepties. Omdat de cateraars gewend zijn eigen apparatuur meebrengen is er een lege hygiënische ruimte gecreëerd met een afzuiginstallatie alsmede voldoende aan- en afvoer van water en (kracht)stroom. De keuken en de kantoorruimtes werd in september 2003 opgeleverd.
De oude Van Assendelftkapel gelegen aan de zuidzijde bevond zich in een verouderde staat. Bij de renovatie is de verlichting vernieuwd en zijn gordijnen en asbest verwijderd. Boven de schouw is een grote spiegel geplaatst en voor de ramen is isolatieglas aangebracht. De parketvloer is opgeschuurd en de convectorputten zijn voorzien van houten roosters. Ook is een luchtverversingsinstallatie aangelegd. In de Van Assendelftkapel zijn wandkleden geplaatst op geluiddempende panelen ter verbetering van de akoestiek. De wandkleden met als titel "Woestijnlandschap" zijn ontworpen door kunstenaresse Ella Koopman. Na de renovatie die in 2001 werd voltooid, is de kapel met zijn prachtige stenen gewelven en de graftombe uit 1486 van de familie Van Assendelft een prachtige locatie voor kleinere bijeenkomsten.
In de Van Assendelftkapel bevond zich een kabinetorgel van Christian Müller. Het behoort tot de zeldzame kabinetorgels die Nederland rijk is. Het instrument is in bezit van vrijwel alle authentieke onderdelen zoals een blaasbalg, ivoren toetsen en een origineel smeedijzeren voetpedaal. Het was niet meer bespeelbaar en wachtte al jaren op restauratie. Besloten is tot dubbele restauratie: een meubel- én een orgelrestauratie. In het atelier van Geert Hardeman te Leersum is al het wortelnotenhouten fineer opnieuw bevestigd en zijn de ontbrekende delen aangevuld. In het atelier van Henk van Eeken te Herwijnen is het orgelmechaniek hersteld. In augustus 2005 werd het gerestaureerde kabinetorgel van Christian Müller uit 1755 teruggeplaatst in het Hoogkoor van de Grote Kerk en ingewijd door organist Gustav Leonhardt.